Čuvanje dezinficijensa zahtijeva pažnju na nekoliko aspekata. Prvo, sredstva za dezinfekciju treba čuvati na suvom, hladnom i dobro-prozračenom mestu. Visoke temperature i vlažnost mogu uzrokovati razgradnju ili propadanje dezinficijensa, smanjujući njihov učinak. Na visokim temperaturama, neke komponente dezinficijensa mogu biti podvrgnute hemijskim reakcijama, značajno smanjujući njegov baktericidni učinak; dok vlaga može uzrokovati da dezinficijens apsorbira vlagu, što utiče na njegovu stabilnost i efikasnost. Drugo, treba izbjegavati direktnu sunčevu svjetlost. Ultraljubičaste zrake na sunčevoj svjetlosti mogu oštetiti komponente dezinficijensa, ubrzavajući proces njegovog propadanja. Istovremeno, potrebno je poštovati zahtjeve za skladištenje dezinficijensa, obraćajući pažnju na rok trajanja i izbjegavajući upotrebu dezinficijensa kojima je istekao rok trajanja. Dezinficijensi kojima je istekao rok trajanja su možda promijenili učinak, ne postižući očekivani baktericidni efekat, a mogu čak imati i štetne efekte na sistem. Osim toga, za neka dezinficijensa s posebnim svojstvima, kao što su zapaljiva, eksplozivna ili toksična dezinficijensa, potrebne su posebne mjere skladištenja kako bi se osigurala sigurnost skladišnog okruženja i spriječile nezgode. Tokom skladištenja, sredstva za dezinfekciju takođe treba čuvati odvojeno od drugih predmeta kako bi se izbeglo međusobno smetnje.
